基于自组织映射神经网络的蛋白质序列分析模型

为了对蛋白质序列进行更精确合理地相似性分析,本文将氨基酸的排列方式与其理化性质相结合,提出了一种基于自组织映射神经网络的聚类模型.首先,采用Wang和Wang的方法把蛋白质序列转化为一条5-字母序列,并将5个字母均匀分布在以原点为圆心的单位圆周上,得到蛋白质序列的位置坐标x,y.然后,结合氨基酸的3个理化指标,进而用一个5-维向量来表示一个氨基酸.最后,运用自组织映射神经网络对不同的蛋白质向量进行聚类分析.本文最后的数值试验部分对9个不同物种的线粒体NADH脱氢酸的蛋白质序列进行了相似性分析,实验结果在一定程度上验证了模型的有效性.