乳腺癌中SRA1基因表达调控的生物信息学分析

分析类固醇受体RNA激活物(steroid receptor RNA activator,SRA1)以长链非编码RNA形式(lncRNA SRA1)和蛋白质形式(SRA1蛋白)在乳腺癌中的分子调控网络.运用RegRNA、Targetscan、MicroCosm Targets、PicTar软件和HMDD、DAVID在线数据库,预测lncRNA SRA1与microRNA及下游靶基因间的多种调控途径,对靶基因进行功能富集分析,绘制lncRNA SRA1的核心调控网络图.同时运用TCGA数据库、string软件预测分析与SRA1蛋白相互作用的蛋白质.发现lncRNA SRA1上存在hsa-let-7b、hsa-let-7c、hsa-let-7g、hsa-let-7i、has-miR-92、has-miR-103、has-miR-194、has-miR-874、has-miR-141、has-miR-146a、has-miR-661这11个与乳腺癌相关microRNA的可能结合位点,从而调节下游230个靶基因,构建了lncRNA SRA1-miRNAs-mRNAs调控网络,提示lncRNA SRA1可能参与基因转录调控、生物合成、MAPK、癌症相关通路、紧密连接等信号通路.并且发现SRA1蛋白和DDX17、ESR1、NCOA2、NCOA1、NRIP1等多种蛋白存在相互作用.对SRA1基因调控网络的生物信息学分析有助于理解其在乳腺癌发生发展过程中的分子机制.