糜子EST-SSR分子标记的开发及种质资源遗传多样性分析

基于前期高通量测序结果设计EST-SSR引物,用于评估国内外不同生态区144份糜子(Panicum miliaceum)种质资源的遗传差异.结果 表明,200对引物中80对呈多态性,开发效率为40％;引物分辨率(Rp)为0.67-4.67(平均值为2.00),扩增产物大小为50-500 bp.144份材料在80个位点共检测到206个等位变异,每个位点为2-3个;多样性指数(1)为0.659 3(RYW108)-1.087 2(RYW124),平均为0.859 9;多态性信息含量(PIC)为0.222 9(RYW98)-0.717 2(RYW124),平均为0.457 3.基于UPGMA将144份资源划分为3个群组,其中2个群组主要为北方春糜子区材料,另一个群组主要为黄土高原春夏糜子区材料.基于Structure (K=4)将材料划分为4个类群,即2个代表北方资源基因库以及代表黄土高原和国外资源基因库各1个.基于主成分分析将材料聚为7个类群,划分结果与材料的地理来源一致.