肠道病毒-D68型流行株3C和3D蛋白结构域序列和结构特征比较分析

目的 利用生物信息学的方法,探究不同亚型肠道病毒-D68型(EV-D68)的3C和3D非结构蛋白序列及结构是否存在差异.方法 通过将近年来世界各国EV-D68流行株(主要为中国株和美国株)的VP1核酸序列进行比对,利用邻接法(Neighbor-Joining)构建系统进化树进行分型,选取各型的代表株,利用其3C和3D蛋白的核酸序列构建进化树并同时利用其氨基酸序列进行同源建模,以进行蛋白质结构分析.结果 通过分析发现,EV-D68 Clade A、CladeB亚型毒株3D蛋白的三级结构均相同;而在3C蛋白的三级结构中,Clade B1亚型的毒株与Clade A、Clade B2和CladeB3亚型毒株存在差异.结论 3C蛋白的三级结构上的差异可能导致EV-D68 Clade B1亚型毒株的毒力和致病性高于Clade A、Clade B2和Clade B3亚型毒株.