硇洲岛牡蛎相关细菌抗菌筛选及系统发育分析

以8个敏感菌株作为指示菌，采用管碟法对分离自湛江硇洲岛（20°52′N ~20°56′N，110°33′E ~110°38′E）潮汐带香港巨牡蛎（Crassostrea hongkongensis）中的72株细菌的发酵液进行抗菌筛选，并对阳性菌株进行基因组 DNA 提取、16S rRNA 基因 PCR 扩增和序列测定，继而进行系统发育分析。抗菌实验结果表明，受试菌株中有23株菌的发酵产物具有抗菌活性（阳性率31.9%），其中有5个菌株（JSM 111024、JSM 111027、JSM 111029、JSM 111076、JSM 111083）具有较强的抗菌活性。基于16S rRNA 基因序列的系统发育分析表明，这23株菌具有较高的类群多样性和物种多样性，属于3个系统发育群/门（Alpha-Proteobacteria、Gamma-Proteobacte-ria、Bacteroidetes）中的8个科（Aeromonadaceae、Flavobacteriaceae、Halomonadaceae、Idiomarinaceae、Phyllobacteri-aceae、Pseudoalteromonadaceae、Shewanellaceae、Xanthomonadaceae）的8个属（Idiomarina、Halomonas、Myroides、Ni-tratireductor、Oceanimonas、Pseudoalteromonas、Shewanella、Wohlfahrtiimonas），可分为11个物种。优势类群为Gamma-Proteobacteria 亚门（14株），其中优势属为 Oceanimonas 属（6株）；第二大类群为 Bacteroidetes 门（7株），都属于 Flavobacteriaceae 科的 Myroides 属。具有较强抗菌活性的5个菌株中，有4个菌株（JSM 111024、JSM 111027、JSM 111029、JSM 111083）属于 Alpha-Proteobacteria 亚门 Phyllobacteriaceae 科 Oceanimonas 属，而菌株 JSM 111076属于 Gamma-Proteobacteria 亚门 Aeromonadaceae 科 Nitratireductor 属。