云南地区宫颈癌组织中人乳头瘤病毒18型LCR基因变异特征分析

研究云南地区人乳头瘤病毒18型LCR基因在宫颈癌组织中的变异特点,通过系统发生分析探讨HPV-18变异株的分子流行特征,并通过转录因子结合位点的预测分析LCR变异对病毒感染可能造成的影响.本研究提取了云南地区74例女性宫颈癌组织样本中的DNA,通过PCR、测序、序列比对,分析了9个HPV-18 LCR完整DNA序列的基因变异信息,并用Mega 7.0软件使用邻接法进行进化分析,使用JASPAR数据库对可能的转录因子结合位点进行预测.HPV-18 LCR序列中发现T7258A、C7529A、G7563A、A7567C、T7592C、A7670T、T7736G、C7764T、C7857T、A41G、C54T、A89C和T104C 13个核苷酸点突变,其中最常见变异位点是T7592C,其次是C7857T,突变频率分别为100％和44.4％.9个HPV-18 LCR完整DNA序列分属于4个HPV-18 LCR变异体,进化树分析显示云南地区流行的HPV-18主要为A系变异体(8个A1亚系,1个A4亚系),HPV-18 LCR中T7592C、C7857T变异位于转录因子TBP、HOXA5的结合区域内.云南地区宫颈癌组织中主要流行的HPV-18为A系变异体,T7592C、C7857T是HPV-18 LCR中主要变异位点.