实时定量PCR法预测禾谷丝核菌Rhizoctonia cerealis基因组大小

Chun-Yan ZHANG,Wei LI,Hai-Yan SUN,Yuan-Yu DENG,Ai-Xiang ZHANG,Huai-Gu CHEN,Zhi-Wei WANG

Microbiology（2014）

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摘要

[目的]准确测定基因组大小是进行禾谷丝核菌Rhizoctonia cerealis全基因组序列测定和拼接的基础,本研究旨在利用实时定量PCR方法预测禾谷丝核菌的基因组大小.[方法]首先克隆了禾谷丝核菌R0301菌株翻译延伸因子A基因(tefA)的部分序列,Southern杂交明确该基因在该病菌基因组中为单拷贝.以已测序立枯丝核菌(Rhizoctonia solani) AG1-IA融合群菌株GD118为对照,采用实时定量PCR的方法进行了禾谷丝核菌基因组大小的预测.[结果]实时定量PCR的方法可以比较准确的测定立枯丝核菌基因组的大小,研究首次预测了禾谷丝核菌的基因组大小位于32.2-36.6 Mb之间.[结论]实时定量PCR法是一种快速和简便的预测丝核菌基因组大小的方法.

关键词

Rhizoctonia cerealis,Genome size,Translation elongation factor A,Single copy,Real-Time quantitative PCR

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