太平洋鳕线粒体全基因组测序及结构特征分析

通过二代基因测序技术获得太平洋鳕(Gadus macrocephalus)线粒体基因组全序列,对线粒体基因进行了注释,对其序列结构进行了分析.研究结果表明,太平洋鳕线粒体基因组全长16569 bp,共编码13个蛋白质,并且包含了22个tRNA,2个rRNA以及1个D-Loop区.碱基组成存在明显的AT偏向和弱AT负偏斜现象.太平洋鳕线粒体在蛋白质编码基因中共有5种终止密码子,包含哺乳动物线粒体常见终止密码子AGG与AGA.除tRNA-Ser(GCT)基因缺失二氢尿嘧啶臂(DHU臂)外,其余tRNA均能形成典型的三叶草结构.D-Loop区只存在与终止结合序列区(Terminal associated sequences,TAS)和保守序列框(Conserved sequences blocks,CSB)功能类似的序列,并且出现17 bp的嘧啶序列.非编码区含有一段保守的控制轻链复制起始的序列(OL)及一段74 bp的基因间隔区.基于线粒体基因组全序列和Cytb基因,分别构建了鳕形目下几种鳕的进化树,结果为揭示太平洋鳕进化地位提供了重要依据.