上海单中心急性胃肠炎患儿感染诺如病毒的基因特征分析

目的:了解上海地区急性胃肠炎患儿感染诺如病毒(norovirus, NoV)的基因特征情况。方法:收集2018年10月至2019年9月上海市儿童医院门急诊急性胃肠炎患儿的粪便标本709份，采用实时荧光RT-PCR方法对NoV进行初筛，使用普通RT-PCR方法，分别用VP1、RdRp区和跨RdRp-VP1区引物对部分NoV阳性标本进行分型鉴定。应用SPSS20.0统计学软件进行数据处理，并使用生物信息学软件对NoV基因序列进行同源性、系统进化及重组性分析。结果:经实时荧光RT-PCR检测，709份粪便标本中NoV阳性的标本为265份，阳性率为37.4%(265/709)。基于NoV RdRp和VP1区的测序分析，NoV阳性标本中共检出7种不同的基因型，分别为GⅡ.P16-GⅡ.2、GⅡ.P12-GⅡ.3、GⅡ.Pe-GⅡ.4_Sydney 2012、GⅡ.P7-GⅡ.6、GⅡ.P8-GⅡ.8、GⅡ.P21-GⅡ.13和GⅡ.P17-GⅡ.17型，其中以GⅡ.P16-GⅡ.2型所占比例最高，为30.6%(34/111)，其次为GⅡ.Pe-GⅡ.4_Sydney 2012型(27.0%，30/111)和GⅡ.P12-GⅡ.3型(24.3%，27/111)。本研究发现2株新的NoV重组株GⅡ.P21-GⅡ.13，其重组位点位于ORF1/ORF2的交接区。NoV在每个月份皆有流行，但每个月份的主导基因型不尽相同。男女患儿的NoV阳性检出率差异无统计学意义( P＝0.329)，而不同年龄组患儿的NoV阳性检出率差异有统计学意义( P＝0.011)，以>11～12岁和>2～3岁年龄组所占比例最高。 结论:2018年10月至2019年9月，上海地区以GⅡ.P16-GⅡ.2、GⅡ.Pe-GⅡ.4_Sydney 2012和GⅡ.P12-GⅡ.3 NoV重组株流行为主，并发现2株新的NoV重组株GⅡ.P21-GⅡ.13散在流行。跨ORF1/ORF2的基因序列测定，有助于更好地了解NoV的基因分型和重组情况。