蒙古马小RNA高通量测序分析
Journal of Agricultural Biotechnology（2017）
Abstract
miRNA(microRNA)是重要的转录后调控因子,在很多物种中己获得鉴定,然而对马(Equus caballus)的miRNA相关研究较少.本研究应用Solexa测序技术对蒙古马的8个组织混合样小RNA进行测序并做了相关的生物信息学分析.结果得到5 199 802个小RNA纯净序列(clean reads),经过长度分布统计和分类注释后,将其与miRBase数据库比对鉴定马的239个保守miRNA.同时,用Mireap软件预测出510个miRNAs,其中238个miRNAs能与马已知miRNA匹配,272个miRNA没能匹配.使用miRanda软件对预测出的所有miRNA进行靶基因预测,获得23 037个靶基因和1 974 153个靶位点.本研究结果丰富了马miRNA数据资源,为进一步研究miRNA在马生物学功能研究工作提供了理论依据.
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Key words
Mongolian horse,MiRNA,High throughput sequencing,Target prediction
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