基于转录组数据的黑腹胃蝇微卫星位点信息分析

黑腹胃蝇是中国新疆荒漠地区马科动物马胃蝇蛆病最主要的病原体.本研究基于已获得的黑腹胃蝇的转录组数据,利用MISA软件(1.0版)对黑腹胃蝇转录组中1 kb以上的Unigene进行SSR位点分析.在黑腹胃蝇转录组25 847条Unigenes中筛选得到SSR总数为12 187个,存在于8 037条Unigenes当中,出现频率为31.09％.微卫星的序列中单碱基(38.39％)和三碱基(33.45％)为优势重复类型.研究共发现103种重复基元,出现最多的为A/T (37.52％),其次是AC/GT(13.10％).由三碱基构成的SSR基元占比较多,分别为15 bp (20.94％),12 bp (14.48％)和18 bp(14.01％).本研究是黑腹胃蝇开发EST-SSR的基础研究,为黑腹胃蝇的遗传多样性分析、变异水平分析和功能基因发掘奠定基础.