贵州地方黄牛IGF-1基因多态性及生物信息学分析
Genomics and Applied Biology（2020）
摘要
为分析黄牛IGF-1基因多态性,筛选出对贵州本地黄牛生长性状有显著影响的SNPs位点,本研究以贵州关岭牛、思南牛、威宁牛和黎平牛为试验对象,构建DNA混池,PCR扩增IGF-1基因所有外显子及部分内含子,采用直接测序法检测IGF-1基因多态性,利用生物信息学软件对IGF-1基因进行分析.结果 表明:在贵州4个地方牛群体种中,共筛选出3个SNPS,分别为Intron2-A5123G、Exon3-G56419A、Intron3-C56464A,Exon3-G56419A属于同义突变.其中2个SNPS (Intron2-A5123G,Intron3-C56464A)为4个牛种所共有,而Exon3-G56419A突变仅存在黎平牛中.生物信息学分析表明,牛IGF-1编码蛋白为分泌蛋白,含有信号肽序列,相对分子质量为16 937.68,理论等电点为9.36,且突变前后IGF-1基因mRNA二级结构发生改变,自由能升高,稳定性降低.研究结果显示,4个牛种IGF-1基因具有较高的遗传多样性,可为贵州地方牛种的保种选育提供参考.
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