珍贵树种火力楠转录组SSR特征分析

为了全面了解珍贵乡土树种火力楠转录组SSR位点的分布及序列特征,为火力楠遗传资源的保存和合理开发利用提供遗传学资料,为同属植物及近缘种SSR标记的开发及遗传研究提供便利.利用Illumina Hiseq2000高通量测序平台对火力楠进行转录组测序,再通过MISA软件对测序所得Unigenes进行SSR位点的发掘和分析.分析的结果显示发现含SSR的序列21 218条,共得到27 379个SSR,出现频率为28.08％,平均约每3 kb出现1个SSR.单碱基和二碱基重复为火力楠SSR主要重复单元类型,分别占SSR总数的42.18％和35.66％,所有重复基元共85种,其中(A/T)n所占比例最高41.65％,然后是(AG/CT)n(29.47％)、(AAG/CTT)n (6.83％)和(AC/GT)n (4.11％).在SSR和CDS的交集基因中,共发现24 668个SSR位点,其中3 805个位于编码区,出现频率为0.099 SSR/kb,而非编码区为0.287 SSR/kb,在基因编码区中出现频率最高的是三碱基重复(2 030,53.35％).在SSR序列长度方面,长度变化范围最大的为单碱基重复SSR,其次是二碱基重复.火力楠转录组SSR位点的出现频率高、分布密度大、基元类型丰富、重复次数较高、长片段较多,具有较高的多态性潜能,用于遗传分析的潜力很大,能满足该物种的保护遗传学研究.