基因组挖掘默诺霉素生物合成基因簇的比较分析
Genomics and Applied Biology（2019）
摘要
通过对NCBI数据库的检索,使用次级代谢基因挖掘的方法对整个基因组数据进行扫描,发现含有潜在的默诺霉素家族磷酸糖脂类抗生素合成途径基因簇的6株链霉菌:Streptomyces ghanaensis、Streptomyces bambergiensis、Streptomyces prasinus、Streptomyces lincolnensis、Streptomyces.sp.SAT1和Streptomyces clavuligerus.将搜寻获取的候选基因簇与S.ghanaensis中的默诺霉素合成相关基因簇进行比较基因组学分析,从共线性比对、合成基因的进化水平和同源性比对结果的分析,说明默诺霉素合成基因簇存在两种不同的进化来源与途径.其中5株链霉菌的合成基因簇位于染色体的两臂区,该区域常发生染色体插入或缺失的水平转移.通过对移动元件的基因岛序列的预测,发现默诺霉素合成基因簇是由20kb大小的基因组岛实现了种间水平转移.基因组岛的插入是链霉菌获得新性状的重要途径,可以阐述基因簇在种间转移的途径和进化方向,以生物信息学基因组分析的角度为高产菌株的构建提供数据支持和改造.
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