漆树EST-SSR引物开发
Genomics and Applied Biology（2018）
摘要
利用NCBI数据库进行漆树EST-SSR引物开发,从NCBI数据库中共下载漆树EST序列87 856条.利用MISA软件进行序列处理、拼接及聚类后,从87 856条漆树EST序列中拼接组装成3 979条非冗余序列,含SSR位点的EST序列出现频率占EST序列总数的4.5％,从3 979条非冗余序列中检测到487个SSRs微卫星位点,出现频率为12.2％.这些SSR位点中,三核苷酸和二核苷酸重复基元所占比例较高.采用Primer5.0软件,共成功设计50对EST-SSR引物,50对EST-SSR引物在25个漆树个体上均能扩增出清晰的电泳条带,其中18对引物检测出了多态性条带,扩增率达36％.
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