基于全基因组序列比对的枯草芽孢杆菌噬菌体侵染能力分析

Junhua Zhong,Yangshuai Ma,Li Nie,Huilin Yang

Genomics and Applied Biology（2017）

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摘要

目前,在美国国家生物技术信息中心(NCBI)数据库中己报道数量众多的枯草芽孢杆菌及其噬菌体的全基因组序列,这为我们利用全基因组比对手段研究枯草芽孢杆菌噬菌体的侵染能力提供了数据基础.本研究从NCBI基因组数据库中下载具有完整序列的枯草芽孢杆菌及噬菌体的基因组及相应的蛋白质序列,利用BLAST软件进行基因组序列比对,得出枯草芽孢杆菌与噬菌体之间的关系.通过利用R语言等软件对噬菌体侵染枯草芽孢杆菌的能力进行分析.然后利用Clustalx和Treeview软件构建进化树,得出枯草芽孢杆菌之间的亲缘性关系,最后对枯草芽孢杆菌蛋白质进行COG注释.结果表明:在65株枯草芽孢杆菌噬菌体中,Bacillus_phage_SPBc2和Bacillus_phage_ phIS3501的侵染能力最强,而Bacillus_phage_ phiAGATE等3株噬菌体的侵染能力较弱.在37株枯草芽孢杆菌中Bacillus subtilis ATCC 49760的易感性较强,Bacillus subtilis RO-NN-1等8株对枯草芽孢杆菌噬菌体的抗性较强.本研究利用基因组比对的方法对枯草芽孢杆菌噬菌体侵染宿主的能力以及枯草芽孢杆的蛋白质功能进行了分析,为后续进一步研究枯草芽孢杆菌噬菌体侵染能力及其蛋白质功能提供参考.

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关键词

Bacillus subtilis,Phage,Infection ability,Whole genome alignment,Protein function

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