茄子EST-SSR分子标记的鉴定及多态性分析

为了加快茄子(Solanumm elongena L.)分子遗传学研究和分子标记辅助育种,对其开展转录组测序,采用软件MISA(MicroSAtellite)对茄子转录组中的SSR位点进行搜索,共检测出5 562个SSR位点,分布于3 438条Unigenes中,出现频率为13.23％,平均分布距离为9.73 Kb.三核苷酸和二核苷酸重复出现频率占优势,分别有3 546个和1 270个,分别占总SSR的63.75％和22.83％.利用Primer 3.0设计引物,随机选择其中20 bp以上SSR序列的100对引物进行合成,92对引物实现有效扩增,占100对SSR引物的92％,从有效扩增引物随机选取30对引物对29份茄子材料进行扩增及多态性评价,30对均有多态性差异.通过UPGMA作图,供试的29份不同的茄子材料被划分为2类.基于茄子转录组测序开发的EST-SSR标记具有较高的可用性,为茄子种质鉴定、亲缘关系分析及遗传图谱构建等提供更丰富的标记来源.