毛白杨真菌胁迫下miRNA靶基因预测和生物信息分析
Chinese Journal of Cell Biology（2014）
Abstract
目前,关于杨树在真菌胁迫下其miRNAs对基因的调控作用研究较少.准确快速地预测并鉴定miRNA靶基因,对揭示真菌胁迫下miRNAs在基因调控中的作用至关重要.该文根据miRNA的进化保守性,通过靶基因预测软件psRNATarget,以已知的毛果杨miRNAs为探针,与毛白杨真菌胁迫下转录组的基因序列比对,找到其中347个miRNAs的772个靶基因,分别编码与植物激素信号传导、植物病原互作、谷胱甘肽代谢等与植物抗病密切相关的蛋白.miR393通过转录后水平作用于靶基因,调节生长素信号以响应多种外界刺激.该研究发现了miR393的11个靶基因,主要参与生长素介导的信号通路;其中6个靶基因(SD1-13、CYP83B1、AFB2、TIR1、AFB3和PSBR)存在差异表达,这些基因是研究miR393的生物学功能的关键候选基因.
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Populus tomentosa,fungus stress,miR393,target genes
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