2017年两株肠道病毒71型襄阳分离株的全基因组分析

目的 分析2017年两株肠道病毒71型(enterovirus 71,EV71)分离株的全基因组及其遗传特性.方法 收集手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)粪便样品,采用RD细胞进行病毒分离;提取病毒RNA,采用RT-PCR法分段扩增EV71全长基因组,经测序和拼接后,利用Mega 6.06和SimPlot 3.5.1等软件进行分析.结果 两株EV71分离株4-23/XY/CHN/2017和6-4/XY/CHN/2017基因组全长均为7 406 bp,编码含2 193个氨基酸残基的多聚蛋白.通过Mega 6.06软件分析显示,与EV71/SZ50/CHN/2014株全基因的核苷酸同源性最高(97.6％),其VP1核苷酸同源性与EV71/FJFZ422/CHN/2015株最高(99％).在全基因组上,与原型株BrCr的核苷酸同源性分别80.6％和80.7％,氨基酸同源性均为99.3％;在VP1序列上,与C4a基因型其他毒株的核苷酸和氨基酸同源性分别94.5％～ 99.3％和97.3％～ 98.5％.进化分析显示,这两分离株属于C4a基因型.重组分析未发现重组事件发生.结论 2017年襄阳分离株4-23/XY/CHN/2017和6-4/XY/CHN/2017属于C4a基因型,且未发生重组.