病原菌诱导转录的水稻Rim2家族转座酶编码亚组的结构与分布

以基因组克隆Rim2-569为代表, 分析了该家族中转座酶编码亚组的分子结构, 同时对Rim2因子在染色体和不同水稻品种之间的差别分布情况进行了研究.序列分析表明, Rim2-569具有完整的16-bp的末端颠倒重复序列(TIRs)、若干正向和反向的16-bp的亚末端重复 (STRs) 以及插入位点3-bp的同向重复.它的TIRs上具有保守序列CACTG, 有别于以往报告的CACTA转座子.该因子含有一个编码区, 与已报告的Rim2 cDNA的ORF基本一致, 其预测编码蛋白与CACTA转座子编码的转座酶TNP2和TNPD有低度的同源性. 该亚组的其它因子的分子结构均与Rim2-569的相似, 但这些因子预测ORF长度上存在着差异, 反映了结构上的多样性.对检索到的Rim2因子的定位作图表明,它们在已测序拼接完成的第1、4和10号染色体上呈不均匀分布,以着丝点附近的分布频率为最高.PCR反应显示, Rim2编码因子在品种之间存在着编码序列多态性.