双胚苗水稻中单倍体与二倍体基因表达芯片分析

本研究运用基因芯片技术,对双胚苗水稻SAR Ⅱ-628品系中的单倍体及其对应二倍体的RNA水平的表达变化情况进行对比分析,发现单倍化后基因表达迅速发生了不同程度的变异,主要结果如下:(i)单倍化后,表达变化的序列占水稻总探针序列的2.47%,随机分布在水稻的12条染色体上,激活的序列数量多于沉默的;(ii)有33个序列在染色体上的分布具有成簇分布的特点;(iii)对单倍化中已经预测功能的575条序列进行功能分类,发现都涉及了生物过程、细胞成份和分子功能这3个方面.SNF2家族中控制转录调节的位点表达下降居多;与DNA重组修复相关的RAD54家族中只有2个位点分别发生了表达上升和降低的变化;(iv)采用RT-PCR验证基因芯片的结果,总体上83.78%序列表达结果与芯片结果相符;任选7个极端(激活和沉默)表达方式的序列,其表达结果与芯片相符率达到91.86%.