基于大数据对宫颈癌缺氧生物标志物的分析

目的 在GEO(gene expression omnibus)和TCGA(the cancer genome atlas)数据库中挖掘宫颈癌缺氧标志物并对其预后进行生存分析.方法 利用GEO数据库中宫颈癌表达谱(GSE75034)缺氧组织和非缺氧组织中的数据进行差异性分析,再运用基因功能分析(gene ontology,GO)与通路富集分析(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)筛选出相关的通路和相关功能的基因,结合TCGA数据库中宫颈癌的数据对其预后运用KaplanMeier与Log-rank检验方法进行生存分析.结果 显示有337个基因表达存在差异,缺氧组织中上调的基因有184个,下调的有153个.GO分析显示这些基因与免疫反应、炎症反应、细胞增殖、血管形成等有关;KEGG分析显示主要富集在TNF信号通路、PI3K-Akt信号通路、HIF-1信号通路等.生存分析显示富集在HIF-1通路上的PAI-1、BCL-2、HK-2与宫颈癌病人预后相关,其中PAI-1、HK-2是预后的危险因素(均有P＜0.05),高表达组与患者生存期缩短相关,BCL-2是保护因素(x2=6.508,P=0.011),高表达组与患者生存期延长相关.结论 PAI-1、BCL-2、HK-2可以作为宫颈癌缺氧生物标志物,与宫颈癌病人的预后相关,为后续的研究提供新思路.