16S rRNA基因测序分析技术在食品污染菌监测中的应用

目的 将16S rRNA基因测序分析技术应用于食品安全风险监测中非目标(相似、少见或非典型)致病菌的鉴定,为食源性疾病防控提供更多病原学证据.方法 采集18份畜类、18份禽类和9份鱼类共45份生鲜样品,目标致病菌按照GB4789标准检测,非目标菌进行16S rRNA基因测序,将全长序列在GenBank中比对确定细菌种属,通过MEGA6构建细菌16S rRNA基因进化树,判定细菌种属间的亲缘关系.结果 45份生鲜样品中检出19株目标致病菌,包括沙门氏菌、空肠弯曲菌、单增李斯特菌和副溶血弧菌,而34株非目标菌16S rRNA基因全长序列能分别比对出13种细菌,其中8种19株菌属于致病或条件致病菌,包括霍乱弧菌、溶藻弧菌、结肠弯曲菌、奇异变形杆菌、粪肠球菌和铜绿假单胞菌,以及在深圳乃至省内首次报道的布氏弓形菌和海藻希瓦氏菌.结论 深圳市售生鲜食品受到多种食源性致病菌污染,特别是非目标检出的致病菌,对此认为16S rRNA基因测序分析技术是一套有效的细菌监测适宜技术,能提高食源性疾病和食物中毒的防控水平.