1株九江分离的柯萨奇A6病毒VP1基因分析及B细胞表位预测

目的 对1株在九江地区分离的柯萨奇A6病毒(CoxA6) VP1区域进行克隆,并对其编码蛋白的结构、功能及B细胞表位进行分析和预测,为CoxA6疫苗制备和诊断方法的研究提供理论基础.方法 采用RT-PCR法对CoxA6分离株VP1区进行扩增和克隆、序列分析,应用SigaIP、TMPRED、TMHMM、Big-PI Predictor、Cell-Ploc、PSORT、NetNES、Netphos、SOPMA、NetNGlyc、MotifScan、InterProscan、SMART、PROSITE、GOR4、Bepipred Linear Epitope Prediction等生物信息学方法预测其VP1基因编码蛋白特性和潜在的B细胞表位.结果 该CoxA6分离株VP1基因编码305 aa的多肽,分子量为33.5 kDa.该蛋白无信号肽、跨膜区,是亲水性蛋白;二级结构主要以无规则卷曲为主,其次为α-螺旋及β-片层.该蛋白共有7个可能的B细胞抗原表位,位于151～ 173 aa区域内的表位分值最高为2.774.结论 成功克隆了1株CoxA6的VP1基因,并对其进行序列分析、蛋白质结构和B细胞表位预测,为制备CoxA6疫苗和开发诊断方法提供了分子生物学基础.