先天性小耳畸形患者lncRNA-mRNA共表达网络分析及作用

目的 分析先天性小耳畸形患者长链非编码核糖核酸(long noncoding RNA,lncRNA)和信使核糖核酸(messenger RNA,mRNA)在同一位患者的正常侧耳廓软骨和先天性小耳畸形侧耳廓软骨中的共表达网络,探讨关键lncRNA的作用.方法 通过芯片数据差异表达所得出的LncRNAs和mRNAs之间的表达相关性和生物信息学分析,对影响先天性小耳畸形发生的LncRNAs和mRNAs进行了分析,经Pearson相关分析计算,Pearson相关系数绝对值大于0.99的mRNA被作为构建编码非编码基因共表达网络关系图(Construction of the lncRNA-mRNA co-expression network)网络关系图的目标基因.我们采用了Cytoscape (version 3.0.1)软件进行了共表达网络图的构建.结果 在共表达网络图中,15个LncRNAs和120个目标靶基因一共组成了145个相关链接,其中120个正相关,25个呈负相关,一个LncRNA最多有35个靶蛋白基因与其相关联,而一个目标靶蛋白基因最多和3个LncRNAs基因相关联.结论 LncRNA-NR_028308、LncRNA-uc003jsd.1等lncRNA居于lncRNA-mRNA共表达网络的核心位置,提示其和先天性小耳畸形的发生发展有一定的关系.