金铁锁WRKY转录因子基因鉴定及其蛋白序列特征和功能特性分析

目的 鉴定金铁锁WRKY(PtWRKY)转录因子基因,并分析其蛋白序列特征和功能特性.方法 采用生物信息学方法,对具有全长开放阅读框(ORF)的PtWRKY转录因子基因进行鉴定,并对其蛋白理化特征、基序(motif)和保守结构域、系统进化、转录因子结合位点信息及表达模式进行分析.结果 于金铁锁转录因子数据库中鉴定出10个具有完整ORF的PtWRKY家族基因,蛋白长度为203～ 371 aa,分子量为23.0～43.1 kD,均具有WRKYGQK保守结构域.系统聚类分析将10个PtWRKY蛋白、9个人参WRKY蛋白、3个西洋参WRKY蛋白分为4大类群,金铁锁、人参WRKY转录因子有着较高的同源性.转录因子结合位点(TFBS)预测分析发现,10个PtWRKY存在3个潜在的TFBS.PtWRKY基因表达模式分析显示,多数PtWRKY在根中表达量较高.在根中高表达的基因主要集中在Ⅱc及Ⅱd亚型.结论 本实验首次从金铁锁中得到PtWRKY基因,可为进一步研究该转录因子调控药材中五环三萜皂苷合成的生物机理及作用提供依据.