绵羊肝脏、肺脏细粒棘球蚴原头节miRNA表达特征分析

目的 分析绵羊肝脏及肺脏分离的细粒棘球蚴原头节(HPSC、LPSC)的微小RNA (miRNA)表达情况,筛选出寄生部位特异性miRNA,为后续miRNA生物信息学分析提供依据. 方法 从西宁市郊屠宰场采集带有包囊的新鲜绵羊肝脏、肺脏,经分离、过滤、沉淀获得棘球蚴原头节.用TRIzol法提取原头节总RNA,构建HPSC、LPSC小片段RNA (sRNA)文库,采用高通量测序技术进行深度测序,将测序获得的原始数据与miRBase、Pre-miRNA、RFam、Repbase等4个公共数据库进行比对,获得已知miRNA的注释信息.利用mfold软件预测未比对上任何注释信息的miRNA的二级结构.比较HPSC、LPSC中miRNA表达量的差异. 结果 HPSC和LPSC文库分别获得10 182 508条和11 133 735条有效序列,大部分序列长18～22 nt.其中22 nt的序列最多,分别占20.9％ (2128728/10182508)和24.6％(2737 570/11 133 735);19nt及21 nt次之,分别占14.0％(1 429846/10 182508)、18.5％ (1 880 607/10 182 508)和16.9％(1 875 698/11 133 735)、16.9％ (1 885 560/11 133 735).在HPSC和LPSC文库中,细粒棘球蚴原头节已知miRNA分别有87条和79条,新miRNA分别占341条和339条,与其他寄生虫(日本血吸虫、曼氏血吸虫、扁虫及三代虫等)保守的miRNA分别有58条和62条.在细粒棘球蚴原头节已知miRNA中,除egr-miR-36a-3p、egr-miR-36b-3p、egr-miR-10229a-5p、egr-miR-10233-5p、egr-miR-10240-3p、egr-miR-10243-5p、egr-mir-10252-5p、egr-mir-10287-5p等8个miRNA在HPSC中特异表达外,其余miRNA在2个文库均表达且表达量一致;在与其他寄生虫保守的miRNA中,有50条在HPSC和LPSC中均表达,有8条和12条分别在2个文库中特异表达.在新的miRNA中,在HPSC和LPSC文库特异表达的分别为78和76条.HPSC和LPSC文库共筛选出miRNA 574条,其中392条miRNA在2个文库中均表达,表达量居前10位的为egr-miR-1-5p、egr-miR-2a-3p、egr-miR-2c-3p、egr-miR-2b-3p、egr-miR-7-5p、egr-let-7-5p、egr-miR-7b-5p、egr-miR-9-5p、egr-miR-9-3p、egr-miR-10a-5p.LPSC与HPSC文库相比较,LPSC有124条miRNA上调2倍以上,30条miRNA下调0.5倍以下.在筛选出的miRNA中,HPSC和LPSC中分别有94条和88条特异表达. 结论 本研究发现HPSC及LPSC中存在特异表达miRNA.