O157∶H7型大肠埃希菌CRISPR结构及耐药基因和毒力基因分布分析

目的 了解O157∶H7型大肠埃希菌中成簇的规律间隔短回文重复序列(Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats,CRISPR)结构特征以及耐药基因和毒力基因分布情况. 方法 利用多序列比对、BLAST、RNA二级结构预测等多种生物信息学方法对20株O157∶H7型大肠埃希菌的全基因组序列进行分析. 结果 从GenBank数据库获得2000-2014年20株O157∶H7型大肠埃希菌全基因组序列,所有基因组中共存在3个CRISPR位点且每个CRISPR位点的基因序列具有高度一致性(均超过99.7％);CRISPR2被一段序列分隔为CRISPR2a和CRISPR2b;CRISPR1中存在3个不同的间隔序列,CRISPR2也有3个不同的间隔序列,CRISPR3有1个间隔序列;CRISPR1和CRISPR3的重复序列均可形成茎环结构,CRISPR2和CRISPR1的重复序列具有较高的一致性.共检测7个耐药基因,所有菌株ampc均阳性,4株菌株tetB和sul1阳性,其它4个基因均未检出;共检测6个毒力基因,有10株细菌stx1阳性,其他5个毒力基因20株细菌均阳性. 结论 CRISPR在O157∶H7型大肠埃希菌中广泛分布且结构稳定,毒力基因分布广,耐药性问题不可忽视.