H5N8流感病毒密码子偏爱性及聚类分析
Journal of Parasitic Biology（2018）
Abstract
目的 探索H5N8流感病毒相关蛋白的密码子偏爱性及其变化趋势. 方法 运用CUSP、CodonW等生物信息软件对2000年以来的H5N8流行株相关蛋白的编码序列进行密码子偏爱性分析,并以重要的人类流感病毒作为参照进行聚类分析. 结果 H5N8流感病毒相关蛋白的有效密码子数目(ENC)值均较高,密码子偏性总体较低;相关蛋白的偏爱密码子有差异性.ENC Plot及中性分析显示,H5N8在进化过程中主要受自然选择因素的影响.聚类分析显示,除NA蛋白的密码子偏爱性相对稳定外,其他蛋白在2010、2014、2016年流行株发生了明显改变. 结论 近年来H5N8在环境压力下发生快速突变,其跨物种感染人的风险进一步加强,而NA密码子偏爱性变化可能是监测的重点.
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