北京市朝阳区2012-2015年柯萨奇A2型肠道病毒的基因特征分析

目的 了解北京市朝阳区手足口病相关柯萨奇A2型肠道病毒(coxsackievirus A2,CV-A2)的基因特征.方法 采用5'端非编码区(5'UTR)和VP2基因测序的方法鉴定CV-A2病毒;对所有CV-A2病毒进行VP1全序列测序,对部分毒株进行编码蛋白全序列测序,并将测得的序列与NCBI数据库中国内外的序列进行比对,构建系统进化树,进行基因特征及分子流行病学分析.结果 2012-2015年本地区共计检出6株CV-A2病毒.基于VP1分型, 6条本研究的序列分别为D1亚型(5条)和D2亚型(1条).6条VP1序列的核苷酸一致性为93.4％～98.5％,与原型株Fleetwood(基因库编号:AY421760)的核苷酸一致性为80.5％～81.6％.与国外VP1氨基酸序列比对显示有6个主要变异位点.在编码蛋白序列的P2和P3区发现与CV-A16、CV-A4和CV-A14型肠道病毒有基因重组.结论 2012-2015年北京市朝阳区CV-A2病毒有2种基因亚型,以D1亚型为主.本地区的CV-A2病毒发生了亚型转换和基因重组,应加强CV-A2病毒的持续监测和基因特征分析.