KI多瘤病毒全基因组序列测定和种系分析

目的 了解KI多瘤病毒(karolinska institutet polyomavirus,KIPyV)在我国福州儿童呼吸道感染中的检出情况及与呼吸道疾病的关系,并对毒株进行全基因组序列测定和种系分析.方法 收集2007年11月～2014年3月在福建省福州市妇幼保健院因呼吸道感染住院的重症监护病房(PICU)的235例小儿鼻咽抽取物样本,通过巢式PCR扩增法用2对特异引物对KIPyV的VP1基因片段进行检测.对检测出的1株KIPyV (FZ52)用4对全基因序列引物进行扩增和拼接,获得该株病毒的全基因组序列,上传GenBank并与基因库中国外其他8株KIPyV的全基因组序列和氨基酸序列进行比对,并做种系分析.结果 从中发现1例KIPyV感染阳性病例,检测阳性率为0.4％,没有检测出KIPyV与其他呼吸道病毒的混合感染,如甲、乙型流感病毒(influenza type A or B virus,Flu A or B)、呼吸道合胞病毒(respiratory syncytial virus,RSV)、人偏肺病毒(human metapnumovirus,HMPV)、人博卡病毒(human bocavirus,HBoV)、WU多瘤病毒(WU polyomavirus,WUPyV)等.与参考株斯德哥尔摩的S60相比,有8个核苷酸不同,推导出的氨基酸序列有3处不同.同时,也将该序列与国内毒株的部分核苷酸序列进行比对分析.FZ52株与斯德哥尔摩的S380株关系较近,FZ52株、S380株与聚成一簇的S350株和布里斯班的B003株关系较近.结论 种系分析显示中国福建福州的FZ52株与瑞典的S380株关系最近.