基于GEO和TCGA数据库分析促癌基因INHBA和抑癌基因CLCA4、CA4在结直肠癌中表达

目的:通过分析GEO数据库结直肠癌相关芯片集,寻找差异基因,并在TCGA数据库和GEO数据库进行验证,为结直肠癌的早期诊断寻找标志物.方法:分析GEO数据库结直肠癌相关芯片集GSE21510、GSE25071、GSE32323.分别分析差异基因,采用文恩图软件查找共同差异基因.进一步在TCGA数据库查找差异基因在结直肠癌中的表达及生存曲线.最后通过GEO数据库GSE24514验证差异基因的表达.结果:GSE21510,包含104例样本,共筛选出251个差异基因,其中上调基因146个,下调基因105个.GSE25071,包含50例样本,共筛选出669个差异基因,其中上调基因312个,下调基因357个.GSE32323,包含10例样本,共筛选出353个差异基因,其中上调基因115个,下调基因238个.在样本中上调基因为促癌基因,下调基因为抑癌基因.经文恩图分析,3个基因集交集共有15个基因,其中上调基因3个,下调基因12个.在TCGA数据库中查找差异基因的表达量和生存曲线,生存曲线选择结肠癌数据集,选取279个样本进行分析.根据差异基因的表达和生存曲线,最终确定促癌基因INHBA和抑癌基因CLCA4、CA4为结直肠癌的标志物.最后在GSE24514芯片集验证差异基因的表达.结论:通过GEO和TCGA数据库筛选及验证,发现在结直肠癌组织中INHBA基因明显上调,CLCA4、CA4基因明显下调.最终确定促癌基因INHBA和抑癌基因CLCA4、CA4可作为结直肠癌早期诊断的标志物.