胃肠道间质瘤c-Kit/PDGFRA基因Sanger法测序套峰产生的原因及解决方案

目的 探讨胃肠道间质瘤c-Kit/PDGFRA基因Sanger法测序套峰产生的原因及解决方案.方法 提取111例胃肠道间质瘤石蜡样本的基因组DNA,采用PCR-Sanger测序法检测其c-Kit基因(外显子9、11、12、13、14、17和18)与PDGFRA基因(外显子12、14和18)序列.选择套峰出现频率较高的c-Kit基因18号外显子作为实验对象,将其PCR扩增产物分为甲、乙两组(甲组将111例PCR扩增产物5μL加入2μL SAP-ExoI中,乙组将111例PCR扩增产物1μL加入2μL SAP-ExoI中)进行酶解纯化,并行Sanger法测序,比较两组测序结果 中出现套峰例数及突变例数的差异性.结果甲组c-Kit基因18号外显子测序结果中有95例(95/111,85.59％)出现明显套峰;乙组中有8例(8/111,7.21％)出现明显套峰;两组套峰例数差异有统计学意义(P<0.001).甲、乙两组111例c-Kit基因18号外显子测序结果中均有1例检测到突变,且突变位置及突变类型相同.结论 充分酶解PCR扩增产物能够显著优化测序结果,降低套峰出现频率,且对突变检测未见明显影响,为胃肠道间质瘤的c-Kit/PDGFRA基因的准确测序奠定基础.