基于lncRNA-mRNA网络识别高血压相关的lncRNA及其功能

目的 高血压是最常见的慢性病,也是心脑血管病最主要的危险因素,很多长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)在心血管系统中具有重要作用.然而在高血压中lncRNA的研究却很缺乏.本课题的目的是识别高血压疾病相关的lncRNA并研究其在高血压中的功能,进而为高血压机制研究提供更多信息.方法 通过ceRNA理论构建全局lncRNA-mRNA网络.首先从GEO数据库中下载高血压疾病表达谱进行重注释,进而识别高血压相关差异表达基因和lncRNA,将其映射到全局lncRNA-mRNA网络上获得高血压特异的lncRNA-基因网络.对该网络拓扑性质进行分析得到高血压相关的lncRNA.对于高血压相关lncRNA,将其在高血压相关网络中所连接的基因用DAVID工具进行通路富集分析,预测高血压相关lncRNA的功能.结果 构建了高血压特异的lncRNA-基因网络(58个lncRNA、431个基因及4737条边).通过对其拓扑性质分析识别了在高血压中发挥非常重要作用的lncRNA:MALAT1,研究发现MALAT1可能通过TNF信号通路、MAPK信号通路来发挥其调控功能.结论 lncRNA MALAT1在高血压疾病中扮演重要作用,其可能通过TNF信号通路、MAPK信号通路来发挥其调控功能.