柯萨奇病毒A16型VP1基因和病毒生物物理学分析

目的 分析柯萨奇病毒A组16型(CoxA16)西安分离株VP1基因序列,探讨西安分离株基因亚型以及病毒颗粒的生物学特性. 方法 采集临床诊断为手足口病患儿的粪便标本, RT-PCR方法检测粪便标本,CoxA16核酸检测阳性的粪便标本经处理后接种于RD细胞分离病毒.扩增CoxA16分离株VP1基因序列并测序.利用DNA Man、ClustalX 1.83和MEGA 4.0软件分析VP1基因和氨基酸序列.纯化CoxA16病毒颗粒,福尔马林灭活后电镜观察病毒颗粒的形状.结果 成功从粪便标本中分离CoxA16病毒株,并获得CoxA16分离株VP1基因序列,该核苷酸编码区序列长度为891 bp,编码297个氨基酸序列;VP1基因比对显示,该分离株与其他不同地区的代表株核苷酸和氨基酸同源性分别为76.76％~97.57％和92.16％~100.0％;种系进化分析显示分离株属于B1a基因亚型的一个分支,与BJ10-03同属一个分支.透射电镜下病毒颗粒为20面体立体对称,病毒颗粒大小均匀,直径为20~30 nm.结论西安CoxA16分离株属于B1a基因亚型,分离株在形态上与其他肠道病毒相似.