深度测序法在检测HCV不同基因型/亚型混合感染中的应用

目的 将深度测序法用于HCV感染者中不同基因型/亚型混合感染的检测.方法 2例HCV RNA阳性血浆标本(标记为1和2号标本),以NS5B.和E1编码区为目的基因,经RT-PCR扩增后做sanger核苷酸序列测定,对其做基因分型发现2个编码区的分型结果后,重复3次NS5B基因PCR扩增;合并3次PCR产物用Ion TorrentTM半导体测序仪做深度测序.获得的序列用Geneious软件的“The map to reference algorithm”和“De novo assembly”2种方法做序列分析和比对,并用Mega 5构建进化树.结果 sanger测序:1、2号标本NS5B基因分型均为1b,E1基因分型均为2a;深度测序:2个标本均为HCV1b与2a混合感染,其中The map to reference algorithm(Geneious)方法显示,1号标本中1b占92.7％、2a占3.8％、没有比对到的序列(unused seq)占3.5％,2号标本相应为84.3％、5.4％,没有比对到的序列占10.3％;De novo assembly(Geneious)方法显示,1号标本中1b占96.3％、2a占3.7％,2号标本相应为94.1％、5.9％.结论 深度测序技术可以精确地获得HCV混合感染的不同基因型/亚型信息,De novo assembly(Ge-neious)分析HCV的深度测序数据更为精确和直观.