用邻位相连法方法确定HIV-1M组基因分型的最佳区域
International Journal of Laboratory Medicine（2014）
Abstract
目的 为进一步确定HIV-1M组基因分型的最佳区域.方法 从Genbank中筛选出对各成熟肽区域有注释来源,来自于不同国家地区的104条HIV-1M组全基因组序列.对序列的结构区域gag区、pol区、enV区及env的亚区域gp41和gp120分别建邻位相连(NJ)系统进化树.结果 pol区未能把D亚型和B亚型分开;gag区未把K亚型和F亚型分开;env区能对HIV-1M组正确分型;env的亚区域gp41未能把K亚型与H和F亚型分开,J亚型未与A亚型分开.env的亚区域gp120未能把J亚型与A1亚型分开.结论 用NJ系统进化树方法确定env区最能代表HIV-1M全基因组序列进行分型.
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HIV,genotype,neighbor joining method
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