基于肿瘤基因组图谱数据库构建结直肠癌九基因预后模型
Chinese Journal of Digestion（2019）
摘要
从肿瘤基因组图谱( TCGA)数据库下载结直肠癌相关RNA测序数据和对应临床信息.使用R语言筛选出2 150个差异表达基因,其中1 205个表达上调, 945个表达下调.功能富集分析显示差异基因涉及众多生物学过程.通过蛋白质相互作用基因检索工具和Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,鉴定出5个关键基因. Cox比例风险回归分析显示得到的基因预后模型(基于9个基因)对结直肠癌患者总体生存率有较好的预测价值.
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