云南新现蝙蝠SARS样冠状病毒密码子偏性及其聚类分析

目的 探索云南新现蝙蝠SARS样冠状病毒(SARSr-CoV)密码子偏性及其与SARS冠状病毒(SARS-CoV)及其他地区SARSr-CoV密码子偏性的进化关系.方法 运用Lasergene、EMBOSS、CodonW等生物信息软件,以SARS-CoV为对照,对云南新现蝙蝠SARSr-CoV各蛋白的编码序列进行密码子偏性分析,并基于此与不同时期报道的SARSr-CoV及SARS-CoV进行聚类分析.结果 11株云南新现蝙蝠SARSr-CoV各蛋白有效密码子数目均接近61,密码子偏性较弱;各蛋白偏性的密码子有差异,但均以A、U结尾的密码子为主.ENC-Plot、中性绘图分析与PR2规则分析均提示新现蝙蝠SARSr-CoV在进化过程中主要受到自然选择因素的影响.基于密码子偏性的聚类分析发现,部分云南蝙蝠SARSr-CoV与SARS-CoV关系极为密切.同时,其他云南SARSr-CoV分散聚类于其他地区的SARSr-CoV中.结论 新报道的蝙蝠SARSr-CoV的密码子偏性与SARS-CoV相似度较高,在进化过程中主要受到自然选择因素的影响,跨种传播至人的风险较高.