云南省登革4型病毒全基因组序列特征研究

目的 阐明云南省2015年5株登革4型病毒(DENV-4)流行株的全基因组序列特征及分子流行病学特点.方法 采用C6/36细胞培养法分离病毒,用RT-PCR法扩增新分离DENV-4的全基因组序列,采用ClastalX1.83和MEGA6等生物信息学软件进行核苷酸和推导氨基酸序列同源性及系统进化分析.结果 从2015年云南省瑞丽市登革热患者血清中分离到5株DENV-4(本地病例2株,来自缅甸腊戍和南坎市输入性病例3株).经RT-PCR和序列测定,获得这5株DENV 4的金基因组序列(10 661 nt),其开放读码框(103-10 264)编码3 386个氯基酸.全基因组或结构蛋白和非结构蛋白基因序列的系统进化和同源性分析表明,云南分离株间高度同源并聚集为一个进化支,并与泰国不同年代DENV-4基因Ⅰ型(G-Ⅰ)流行株具有较近的进化关系和较高的同源性,同属G-Ⅰ.云南株和泰国株均与同基因型的DENV-4原型株(H241,1956年菲律宾)和中国广州1990年B5株亲缘性和同源性都较低.云南株与H241株在结构蛋白或非结构蛋白中分别存在21和45个氨基酸位点差异.结论 首次获得云南省DENV-4分离株的全基因组序列并发现它们与近期东南亚DENV-4 G-Ⅰ流行株亲缘关系较近.首次证实云南省存在DENV-4本地流行,传播来源为相邻缅甸北部边境地区.云南分离株某些氨基酸位点的改变是否与其抗原性和毒力有关尚需进一步研究.