新疆地区人类免疫缺陷病毒-1感染者CRF07_BC流行毒株gag基因遗传特性

目的 分析新疆地区HIV-1感染者中流行的单一亚型CRF07_BC毒株的gag基因遗传特性.方法 对35例CRF07_BC亚型的HIV-1感染者分别于2011年9月(T1时间点)、2012年5月(T2时间点)、2013年2月(T3时间点)和2013年10月(T4时间点)4个时间点采集全血标本.为排除不同程度免疫功能对HIV-1基因变异的影响,使用流式细胞仪进行CD4+T淋巴细胞计数,并按照CD4+T淋巴细胞＜200/μL(重度免疫抑制)、200～500/μL(中度免疫抑制)和＞500/μL(无免疫抑制)分为不同免疫功能的3组.抽提标本RNA,套式PCR扩增gag基因片段,最终将3组研究对象得到的4次序列进行基因离散率和进化树分析,并使用BEAST软件估算该地区CRF07_BC流行毒株的最近共.同祖先株形成时间和平均进化速率.为排除HARRT对HIV-1基因变异影响,对HARRT组和非HARRT组进行基因离散率分析.结果 3组不同免疫功能的研究对象均呈现出在T1、T2、T3、T4时间点的组内和组间基因离散率依次升高的趋势.HARRT组和非HARRT组也均呈现出在T1、T2、T3、T4时间点的组内和组间基因离散率依次升高的趋势.进化树分析显示,同一样本的几次序列在进化树上聚集成一簇,大部分毒株均在T4时间点上独立分出一支;其最近共同祖先株形成时间为10.9年[95％最高后验密度(HPD):2.0～22.2年],平均进化速率为1.34×101替换·位点1·年-1(95％HPD:5.16×10-4～2.23×10-3替换·位点-1·年1).结论 新疆地区HIV-1感染者CRF07_BC亚型毒株会随着在一个地区流行时间的延长,加大该地区同一亚型内的基因离散率;CRF07_BC单一亚型内病毒株的gag基因进化速率相对文献报道的略慢.