2011年上海地区轻、重症手足口病患者肠道病毒71型分离株VP1、VP4区的基因特征分析

目的 了解2011年上海地区手足口病重症和轻症患儿中肠道病毒71型(EV71)分离株VP1、VP4区的基因特征.方法 对来自2011年重症与轻症手足口病患儿的各5株EV71分离株进行VP1、VP4全序列的RT-PCR扩增测序,并与美国国立生物技术信息中心公布的EV71 A、B、C基因型代表株进行核苷酸、氨基酸比对分析和系统进化分析.结果 轻、重症患儿的EV71分离株之间VP1基因的核苷酸同源性为96.0％～98.1％;VP4基因的核苷酸同源性为93.7％～99.5％.轻、重症患儿的EV71分离株与C基因型代表株比较接近,VP1区核苷酸同源性分别为86.9％～98.2％、87.4％o～98.5％,VP4区核苷酸同源性分别为85.5％～100.0％、84.5％～99.5％,其中与2008年安徽省阜阳市的EV71流行株(C4亚型)VP1区核苷酸同源性分别可达97.0％～98.2％、97.9％～98.5％,VP4区核苷酸同源性分别可达96.1％～100.0％、97.1％～99.5％.3例重症患儿分离株在VP1和VP4的天冬酰胺(N)282丝氨酸(S)、苏氨酸(T)7丙氨酸(A)同时发生变异.结论 2011年上海地区10例轻、重症手足口病患儿中分离的EV71流行株均属C基因型的C4亚型；3例重症患儿分离株在VP1和VP4的N282S、T7A同时发生变异.