基于TCGA数据初步探查肝内胆管癌预后相关基因

目的 分析TCGA数据库中肝内胆管癌(ICC)高通量测序数据,寻找其预后相关基因,构建风险模型,并研究其在ICC组织中表达及作用通路.方法 下载TCGA数据库中33例ICC组织和8例癌旁组织中的RNA-seq表达矩阵数据和患者临床资料信息,利用edgeR软件包进行基因差异表达分析,通过单因素Cox回归分析筛选出预后相关差异基因,对差异基因绘制生存曲线,筛选出具有临床意义的基因,经多因素Cox回归分析并构建风险模型,通过京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析了解预后相关基因的作用通路.结果 通过edgeR分析后得到6617个差异基因(筛选标准为|log2 Fold Change|>1,P<0.05),其中高表达组4094个,低表达组2523个.通过功能富集发现,这些基因主要集中在化学物致癌作用、药物代谢-细胞色素P450系统、细胞色素P450对异生物质的代谢影响以及视黄醇代谢通路.经单因素Cox回归、R软件"survival"包生存曲线分析显示,UCN2、CST1、PROS1、SLC35E4、PEMT五个基因对ICC患者预后存在显著性影响.通过多因素Cox回归分析,CST1、PEMT、PROS1构建的风险模型对ICC患者预后具有判断作用.结论 UCN2、CST1、PROS1、SLC35E4、PEMT基因可能成为ICC预后判断指标,为后续临床试验提供数据支持.