应用于精准医学研究的转录组可变剪接分析

精准医学是针对患者的基因组（转录组、表观组等）和个体特点进行防治的未来医学模式。随着人类基因组计划的完成，针对复杂疾病的第三次医药卫生革命—“精准医学”拉开了序幕。近15年来，通过对组学数据与各种临床表型相关性的不断深入解析，人类已经对复杂疾病有了相当深入的认识；同时，千美元基因组测序的实现，使得规模化开展精准医学研究成为可能。RNA-Seq是一种研究转录组的强大工具，在精准医学的研究中有重要作用。它使用第二代测序技术，能够快速获得某个物种或组织在特定条件下所表达的全部转录本序列，相当于一种对RNA的存在和数量的快照技术［1］，可用于研究未知基因、剪接异构体等微阵列技术所无法研究的内容。通过将具有足够深度的RNA-Seq数据与整个基因组或转录组进行比对，笔者可以更为精确地从整体水平研究基因功能及基因结构、分析基因的表达水平、鉴定新的转录本、检测融合基因或单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms, SNPs），以及识别可变剪接等［2］。随着第二代测序技术的广泛应用，得到的测序数据正以惊人的速度扩增，现在每次测序已经可以产生150bp或更长的读段（reads），而且每次运行的通量已达到TB级。高通量测序技术的发展为精准医学的研究带来了前所未有的机遇，但数据的爆发式增长也为后续的分析带来了巨大的挑战。现简要介绍从RNA-Seq数据中鉴定可变剪接，以及后续的差异比较等方面的精准医学领域研究进展。