非特指型外周T细胞淋巴瘤基因芯片表达谱GEO数据库挖掘分析

目的 由于低发生率和异质性,非特指型外周T细胞淋巴瘤(PTCL-not otherwise specified,PTCL-NOS)在生物活动过程中很多方面仍然是未知的.本研究基于基因芯片数据采用生物信息学方法,挖掘PTCL-NOS的差异基因和相关信号通路,为进一步研究提供线索.方法 从基因表达(gene expression omnibus,GEO)数据库获得2个数据集(GSE6338、GSE58445),采用基因本体论对差异基因进行功能分析.通过蛋白互作网络构建关键基因功能模块,进行京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析.采用Kaplan-Meier生存曲线和Log-rank test法对关键差异基因和临床资料进行生存分析.结果 查找出1058个差异基因,其中上调基因756个,下调基因302个.KEGG通路分析显示,PTCL-NOS与趋化因子、NF-κB、PI3K-Akt、RAS以及细胞周期通路相关,关键差异基因有CDK1、CCNB1、CXCR4、CDC20、CCR1和CXCL12.生存分析显示,CXCL12与总生存率(overall survival,OS)有统计学意义的关联,P=0.018.结论 PTCL-NOS 的发病机制可能涉及不同基因和通路,查找出的 6 个差异基因和 5 条信号通路可能在其中发挥重要作用.