生物信息学方法筛选结肠癌相关长链非编码RNA

目的 筛选结肠癌中差异表达长链非编码RNA(lncRNA)并探讨其表达情况.方法 从NCBI(美国国立生物技术信息中心)公共数据平台Gene Expression Omnibus(GEO)下载结肠癌基因芯片数据GSE41328,包含10对结肠癌组织及正常组织,用微阵列显著性分析(SAM)软件输出差异表达基因,信息学网站对基因重注释得到lncRNA名称,然后用Gene Cluster和TreeView软件分析差异表达lncRNA数据,进一步验证其表达情况.结果 分析GSE41328发现,与正常组织相比,结肠癌共有66个lncRNA差异表达,其中22个高表达,44个低表达,结肠癌与正常组织表达值倍数均大于2或小于0.5,差异有统计学意义.结论 运用生物信息学方法筛选结肠癌相关lncRNA,可为寻找新的肿瘤标志物提供新的途径,但其结果需要进一步实验验证.