骨肉瘤基因表达谱芯片的生物信息学分析

[目的]探讨骨肉瘤(OS)基因表达和生物学过程的改变,为OS分子机制的进一步研究提供生物信息学依据.[方法]从GEO数据库(gene expression omnibus)下载Sadikovic B等构建的OS样本的基因芯片数据集,应用生物信息学方法筛选差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),并利用R语言clusterProfiler软件包对差异基因进行基因本体论(gene ontology,GO)及通路富集分析(KEGG).通过STRING数据库、Cytoscape及其插件cytoHubba、NetworkAnalyzer分析蛋白互作网络的中心节点蛋白,寻找关键(Hub)基因.[结果]通过对两组数据共获得631个DEGs,其中包括362个上调基因和269个下调基因.差异表达基因主要涉及白细胞趋化性、白细胞迁移、血管发育的调节等生物过程,介导受体配体活性、生长因子结合、生长因子活性以及整合素结合等分子功能,富集于细胞外基质.[结论]细胞外基质和生长因子活性的改变对OS的发生发展起着关键性的作用;白细胞跨内皮迁移通路和PI3K-AKT通路与OS密切相关,相关的分子机制值得进一步深入研究.