基于生物信息学方法鉴定头颈部鳞状细胞癌的关键基因及信号通路

目的 采用生物信息学方法筛选头颈部鳞状细胞癌(head and neck squamous cell carcinoma,HNSCC)的关键基因及信号通路,挖掘HNSCC早期诊治及预后分析的潜在分子标志物.方法 从GEO数据库中下载5组HNSCC相关表达谱芯片数据,利用R语言中的软件包筛选在HNSCC与癌旁正常组织中呈现差异性表达的基因,对差异基因进行系统的生物信息学分析.结果 本研究共鉴定了215个差异基因;其中上调基因共计79个,主要在40个GO条目(P＜0.01)与14条信号通路(P＜0.05)上富集;下调基因共计136个,主要在18个GO条目(P＜0.01)与6条信号通路(P＜0.05)上富集.基于PPI网络定义了16个hub基因,其中7个hub基因在HNSCC中表达上调且与HNSCC患者总体生存率相关(P＜0.05),这些基因高度富集在3条肿瘤相关信号通路(P＜0.01).结论 本研究鉴定了7个HNSCC的关键基因,分别为PLAUR、ITGA5、LAMB3、LAMC2、SERPINE1、ITGA6、ITGA3,它们主要在3条与肿瘤发生、发展相关的信号通路中发挥作用,是HNSCC早期诊治及预后分析的的潜在分子标志物.