使用表达谱芯片探索骨肉瘤中侧群细胞的差异表达基因

目的:使用表达谱芯片获得骨肉瘤MG63侧群细胞(SP)和非SP(NSP)中的差异表达基因,从中挖掘骨肉瘤的潜在治疗靶基因.方法:使用流式分选仪从人骨肉瘤细胞系MG63细胞中分离出SP和非SP,并使用表达谱芯片技术检测MG63细胞SP和NSP中的差异表达基因,以2倍的差异表达倍数变化设定为初步筛选基因的标准.利用基因本体论(GO)、京都百科全书基因和基因组(KEGG)途径进行功能和信号通路富集.分别从SP中过表达和低表达的差异基因中选择5个,采用荧光定量PCR法(RT-qPCR)对其进行表达情况的验证.结果:在MG63细胞中,SP和NSP,共有7 332个基因被筛选为差异表达基因,其中3 661个基因被上调,3 671个基因被下调.GO富集分析显示,差异表达的基因主要参与信号转导、细胞粘附、反应、膜和结合.KEGG通路分析显示,这些基因主要富集于造血细胞谱系,癌症中的转录失调,癌症,肌动蛋白细胞骨架的调节,细胞因子—细胞因子受体相互作用和cGMP-PKG信号通路等.结论:这些研究提供了MG63细胞中SP和NSP之间差异基因表达谱的概述,并使用GO和KEGG通路对其差异表达基因进行功能富集,提示了KLK5,CCNA1,TFPI2和RAPH1可能是骨肉瘤CSCs治疗的靶点.