基于生物信息学方法对三阴性乳腺癌差异基因表达的分析

目的 从分子层面分析研究三阴性乳腺癌(TNBC)的差异表达基因(DEGs),为其诊疗提供新的思路.方法 在美国国立生物技术信息中心(NCBI)的公共基因芯片数据库(GEO)中获取三阴性及非三阴性乳腺癌相关基因芯片数据,利用R软件筛选出二者的相关差异表达基因(DEGs),并利用DAVID在线数据库对上述基因数据进行相关基因功能富集分析.同时,通过String在线数据库构建蛋白互作网络(PPI).结果 按设定参数-基因差异表达倍数>1.0,P<0.05,筛选出298个差异表达基因,其中上调差异基因121个,下调差异基因177个.对差异表达基因编码的蛋白质间的相互作用进行网络绘制,发现这些基因编码的蛋白间的相互作用主要集中在FOXM1、RAD51AP1、CDCA2、EZH2、NDC80、PRC1、PTTG1、ASPM、TTK、ANLN、BUB1B、CDC20、TPX2、CEP55、MELK、NCAPD2、DLGAP5、NUF2、MCM10、FAM64A、SKA1等21个蛋白.最后进一步研究上述节点基因,发现部分基因可能与三阴性乳腺癌的形成、发展及预后相关.结论 利用生物信息学方法对三阴性与非三阴性乳腺癌进行差异表达基因的分析,可有效发掘这些差异表达基因的相互作用信息,为三阴性乳腺癌的诊疗提供新的思路.